Naruto : Ninja Destiny II European Version sur DS offre la même jouabilité que sa version japonaise (Naruto Shinobi Retsuden II) mais ce jeu de combat en 3D est agrémenté de nouveaux personnages et d'un scénario exclusif. Outre son mode Histoire, le titre offre un mode Quête à débloquer ainsi qu'un mode Combat sans-fil permettant de défier un ami via la connexion wi-fi de la DS.