Pour protéger votre PC des virus et de chevaux de Troie, F-Prot utilise un scanner de fichiers, F-STOPW, fonctionnant en arrière plan. Quant à la détection de nouveaux virus, ce logiciel se base, comme de nombreux programmes concurrents, sur une méthode heuristique. Ainsi, les actions de vos programmes sont étroitement surveillées. F-Prot vous alerte dès qu'il juge suspect le comportement d'une application.