Les vacances d'été sont à présent terminées pour nos trois héros ! Ben, Gwen et leur grand père Max peuvent enfin souffler. Ils laissent derrière eux leurs palpitantes aventures pour revenir à une vie de tous les jours, partagée entre la famille, les copains, et l'école. Seulement voilà, de retour à la maison, les choses ne s'annoncent pas exactement comme prévu. L'antipathique Eon, le premier extraterrestre capturé par l'organisation secrète de Max est de retour. Il revendique l'Omnitrix pour provoquer le début d'une invasion d'aliens qui entraînerait la fin de l'humanité ! Nos trois héros ne sont donc pas au bout de leurs peines.